En la Segunda Fase por la Permanencia en Tercera División RFEF participan doce clubes en un único grupo. Se rescatan los puntos obtenidos en la Primera Fase y se enfrentan tan solo los equipos que hayan estado en distintos subgrupos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- durante un total de 12 jornadas. El orden de los encuentros se decide por sorteo antes de empezar la Fase. Los siete últimos clasificados descienden directamente a Preferente Autonómica, mientras que los cuatro primeros participarán en Tercera División RFEF.